-
Rutinemessig typer vi de kapsulære polysakkarider og overflateproteiner ved påvisning av de tilsvarende gener med PCR. De opprinnelige teknikkene basert på immunologiske metoder brukes innimellom i forskningssammenheng eller for verifisering. Overgangen fra immunologiske til genteknologiske metoder skjedde ved årsskiftet 2005/2006.
Utvidet typing kan utføres ved behov. Det vil først og fremst være ved spørsmål rundt smitte. Vi er også interessert i å samarbeide om typing av stammer i forskningssammenheng, enten med rutinemetoder eller med videregående metodikk.
Tilgjengelige typingsteknikker:
|
Anvendelse
|
Mål
|
Teknikk
|
Anmerkninger
|
|
Rutine
|
Kapselpolysaccarid
|
Multiplex-PCR
|
Immunologiske teknikker tilgjengelig
|
|
Overflateproteiner
|
Multiplex/singel-PCR
|
Immunologiske teknikker tilgjengelig
|
|
Utvidet typing / Forskning
|
Repeterte områder i genomet
|
Multi-locus variable repeat assay (MLVA)
|
Svært god i utbruddssammenheng
|
|
Husholdningsgener
|
Multi-locus sequence typing (MLST)
|
Internasjonal referansemetode for epidemiologiske sammenligninger
Se også: http://pubmlst.org/sagalactiae/
|
|
Helgenomisk
|
Pulsfeltgelelektroforese (PFGE)
|
Bra i utbruddsammenheng
|
Rutinetypingen
Kapselantigenene:
Ti forskjellige varianter av polysakkaridkapselen er beskrevet, nummerert med romertall: Ia, Ib, II-IX. Av disse finner vi i Norge, som ellers i verden, oftest type III. Den står for ca. 30% av alle stammer, men for over 50% av stammene vi mottar fra nyfødte. Kapseltype V er nest viktigst, særlig hos de eldre pasientene med invasiv GBS sykdom. Deretter følger i avtagende hyppighet IV, II og Ib. Typene VI til VIII er rariteter, mens type IX, som ble først beskrevet i 2007, forekommer i lav antall og kan være en ”emerging” type.
Overflateproteiner
Overflateproteinene opptrer vanligvis med de samme kapselantigenene (se tabell nedenfor), divergerende kombinasjoner kan altså gi epidemiologisk ekstrainformasjon. Nomenklaturen av Streptococcus agalactiaes overflateproteiner er forvirrende og det eksisterer flere navn for noen av disse som blir brukt av ulike miljøer i verden. Siden vi påviser genene angir vi navnet på disse i våre svar.
Nomenclature and characteristics of GBS c and R proteins (etter L. Bevanger, des. 2005)
rød: betegnelser anvendt i våre svar inntil 2005, grønn: aktuelle betegnelser
|
Designation
|
Alternate
designation
|
Gene
|
Most common
capsular serotype
associated
|
|
c proteins
|
|
beta
|
|
bac
|
Ib, II
|
|
alpha
|
|
bca
|
Ib, II
|
|
Alp 1
|
Epsilon
|
epsilon
|
Ia, IV
|
|
R proteins
|
|
R1
|
Alp2
|
alp2*
|
III
|
|
R1
|
Alp3 (R28)
|
alp3*
|
V, VIII
|
|
R3
|
|
|
V
|
|
R4
|
Rib
|
rib; r4
|
III
|
* I rutinetypingen besvares disse med alp 2/3, alp 2 forekommer sjelden.