Opprettelsen av et nasjonalt kompetansesenter ble vedtatt i stortinget i 1999.
Ved Avdeling for nevrologi og klinisk nevrofysiologi har det vært en langvarig og variert forskningsaktivitet. En lang rekke doktorgrader om hodepine har utgått fra denne avdelingen.
Senteret fikk noen mindre bevilgninger til prosjektering og oppstart i 2000 og 2001. Lederstillingen ble besatt høsten 2002.