Omlegging av fæces-diagnostikk ved Avdeling for medisinsk mikrobiologi

To hovedgrunner ligger til grunn for denne omlegging:

1. Internasjonal konsensus har vist at genteknologiske metoder vil kunne påvise langt flere aktuelle agens sammenlignet med konvensjonelle metoder. Slik omlegging gjøres i stor grad internasjonalt; også noen norske mikrobiologiske laboratorier har gjort slike endringer.  AMM har i løpet av 2015 utarbeidet det faglige grunnlaget for innføring av ny metodikk og validert metodene. Vi har i likhet med andre funnet en klar gevinst for å kunne detektere aktuelle agens hos flere pasienter. For enkelte agens påvist ved PCR vil det bli utført dyrkning, pga forpliktelse til å oversende isolater til Nasjonalt folkehelseinstitutt.

2. For majoriteten av fæcesprøvene vil svartiden bli kortere da resultater av PCR-analysene vil foreligge neste ordinære arbeidsdag etter mottaksdato.

For rekvirentene vil det være små praktiske konsekvenser. Tre scenarioer for rekvirering vil være aktuelle:
1. For utredning av diaretilstander («diarefremkallende agens») vil prøven bli undersøkt med PCR for et bredt panel av tarmpatogene bakterier, virus og parasitter¹.       
2. Med hensyn til spesifikke problemstillinger knyttet til smittevern kan rekvireres kun Clostridium difficile eller  norovirus og prøven blir da kun undersøkt for dette.
3. I sjeldne tilfeller det kunne være behov for å rekvirere kontrollprøve / oppfølgingsprøve  av tidligere påvist agens, og det er da viktig at det rekvireres som kontrollprøve og angis hvilket agens som ønskes kontrollert (for å unngå at det brede PCR-panelet blir unødvendig brukt).

For prøvetaking: Alle fæcesprøver skal sendes på to prøverør: En Fecal swab (Copan) og ett transportrør m/skje uten tilsetning (samme typer som benyttet hittil).

¹  Analyserte og rapporterte PCR-svar vil inntil videre være:
Bakterier: 
Campylobacter spp, Salmonella spp, Shigella spp/Enteroinvasiv E.coli (EIEC), Clostridium difficile, Yersinia enterocolitica, Enterohemorrhagisk E.coli (EHEC), Enterotoksigene E.coli (ETEC), Enteropatogene E.coli (EPEC)
Virus: 
Norovirus GI og GII, rotavirus, adenovirus F (serotype 40/41), astrovirus og Sapovirus
Parasitter: 
Giardia lamblia, Cryptosporidium spp, Entamoeba histolytica

Ved mistanke om kolera vil dedikert vibriodyrkning bli utført. Det vurderes om fremtidig påvisning av Aeromonas og enteroaggregative E.coli (EAEC) påvisning skal inkluderes.