For å sikre at laserbehandlingen forløper smertefritt, setter legen bedøvelse rett før behandlingen. Det gjøres ved å sprøyte et lokalbedøvende middel i hudområdet som skal behandles. Sprøyten med lokalbedøvelse kan gi ganske sterk svie når den settes, selv etter forbehandling med bedøvende krem, men svien går fort over. Effekten av bedøvelsen går ut etter én til to timer.
Ved kondylomer i urinrørsåpningen påfører legen bedøvelseskrem i form av krem i urinrørsåpningen med en sprøyte uten kanyle før inngrepet. Da skal du ikke ta på krem selv før du kommer.
Under behandlingen avgir laserstrålen energi meget presist på hud eller slimhinner. Vortene fjernes mekanisk og det etterlates en sårflate. Blodkarene vil lukkes i det behandlede området, og derfor blir det kun liten blødning etter inngrepet.
Konsultasjonen kan vare 20–30 minutter, av og til lenger, avhengig av antall og utbredelse av kondylomene.