Behandlingen vil være avhengig av hvilken type av ARM barnet har.
Formålet med behandlingen er å sikre at avføringen kommer ut. Alle barn med ARM vil trenge behandling, og de aller fleste vil trenge en eller flere operasjoner i spedbarnsalder. Når barnet er ferdig operert er målet at endetarmen skal være koblet til en åpning i huden på normalt sted midt i lukkemuskelen.
Synlig fistelåpning
Hvis barnet har en synlig fistelåpning i huden vil det som regel være tilstrekkelig å utvide denne åpningen med et instrument den første tiden etter fødsel. Det brukes da en metallpinne (Hegarstift) med forskjellige tykkelser som føres inn i åpningen 1-2 ganger daglig. Behandlingen gjøres uten narkose. Når åpningen er stor nok vil foreldrene få opplæring i å føre inn stiften, slik at de kan gjøre dette hjemme for å vedlikeholde størrelsen på åpningen frem til operasjon.
Ingen synlig fistelåpning
Hvis det ikke er noen synlig fistelåpning eller hvis tarmen har en forbindelse til urinrøret må barnet få utlagt tarm (stomi) i løpet av de første dagene etter fødsel. Operasjonen gjøres i narkose. Foreldrene vil få opplæring i hvordan de skal skifte på og stelle stomien hjemme frem til operasjon.
Barnet blir liggende på sykehus i en ukes tid etter fødsel slik at man ser at barnet får tømt tarmen godt, enten gjennom fistelen eller i stomipose. Man vil i løpet av dette oppholdet også gjennomføre rutineundersøkelser for å se etter tilleggsmisdannelser.
Operasjon for å lage endetarmsåpning
Operasjonen for å lage en endetarmsåpning på stedet der åpningen normalt skulle vært skjer vanligvis når barnet er 2-3 måneder gammelt.
Hvordan operasjonen gjøres avhenger av hvilken type ARM barnet har.
Hvis det er en fistelåpning i huden kan denne åpningen flyttes til sentralt i lukkemuskelen (analplastikk, mini-PSARP).
Hvis fistelen går til urinveiene eller det ikke er noen fistel vil man lage en åpning i huden på normalt sted og koble endetarmen til den nye åpningen (PSARP). En forbindelse til urinveiene vil bli lukket samtidig. Operasjonen skjer i narkose, og barnet vil få urinkateter og intravenøs antibiotika som skal beholdes i noen dager etterpå. Barnet kan vanligvis reise hjem etter en ukes tid.
Etter operasjon og eventuelle nye operasjoner
Tre uker etter PSARP/analplastikk vil barnet bli innlagt på nytt for å fjerne stingene og kontrollere størrelsen på endetarmsåpningen. Hvis barnet har stomi vil man vurdere om åpningen er stor nok til at man kan planlegge å lukke stomien. Denne undersøkelsen gjøres i en kort narkose, og barnet kan reise hjem samme dag.
Hvis barnet har fått stomi blir den vanligvis lukket 6-8 uker etter PSARP. Operasjonen gjøres i narkose. Barnet vil deretter kunne tømme avføring gjennom endetarmsåpningen, men det tar gjerne noen dager før tarmen kommer i gang og man må regne med å bli på sykehuset i en ukes tid. Ofte vil det være svært hyppige avføringer de første ukene etter stomilukking.
Foreldrene vil få opplæring i smøring og stell av huden omkring endetarmsåpningen for å unngå at den blir sår.